Goran Nikšić je rođen 1957. godine u Splitu. Diplomirao je arhitekturu 1980. godine u Beogradu, nakon čega se zaposlio u tadašnjem Regionalnom zavodu za zaštitu spomenika kulture (kasnije Konzervatorski odjel). Sretnim sklopom okolnosti u Zavodu se tih godina zaposlilo nekoliko izvanrednih mladih arheologa i povjesničara umjetnosti. Pod mentorstvom dugogodišnjeg ravnatelja prof. Davora Domančića stasali su u stručnjake koji su, kao pojedinci i kao kolektiv, predstavljali u hrvatskim okvirima referentnu točku razvoja novog konzervatorskog naraštaja. U poticajnoj atmosferi u kojoj su se na temeljima stoljetne tradicije konzervatorskih velikana u praksi provjeravali moderni pristupi konzervatorskim i restauratorskim problemima, opredijelio se za put koji slijedi do danas: kontinuirana edukacija i usavršavanje u svim aspektima konzervatorskog posla.
Od 1981. do 1983. godine pohađao je studij graditeljskog nasljeđa u Centru za arhitekturu i urbanizam u Splitu, a od 1991. do 1992. godine na poslijediplomskom studiju u Centru za konzervatorske studije u Yorku (Engleska) magistrirao je s temom Poslijeratna obnova arhitektonske baštine u Hrvatskoj, gdje je sakupio novostečena znanja koja je planirao primijeniti u obnovi spomenika oštećenih razaranjima u Domovinskom ratu, ali i utjecati na ispravljanje nekih zastarjelih i pogrešnih konzervatorskih pristupa u Hrvatskoj.
U prvom razdoblju svojeg konzervatorskog angažmana radio je na brojnim terenima u srednjoj Dalmaciji, a od 1996. godine bio je konzervator odgovoran za splitsku povijesnu jezgru i Dioklecijanovu palaču. Od 2006. godine do danas radi na mjestu voditelja Odsjeka za staru gradsku jezgru u Gradu Splitu.
Graditeljska baština se najbolje upoznaje i razumije kroz terenski rad, crtajući zatečeno stanje i neposredno rukovodeći radovima obnove u suradnji s brojnim strukama. Nikšić je izradio arhitektonsku dokumentaciju i vodio niz projekata konzervacije i restauracije arheoloških lokaliteta, etnografske baštine, stambene, crkvene, javne i vojne arhitekture iz svih povijesnih razdoblja, od čega se mogu istaknuti konzervatorski radovi na katedralama u Korčuli, Hvaru, Splitu, Trogiru i Šibeniku.
Osobito je proučavao tradicionalne tehnike i materijale u konzervaciji graditeljske baštine, koje je primjenjivao u svim svojim konzervatorskim projektima i radovima. Osim za konzervatorsku teoriju i praksu i njihovu povijest, razvio je znanstveni interes za povijest arhitektonskog projektiranja i konstruiranja, te za stare mjerne i proporcijske sustave. Zaokupljen konzervatorskim poslovima, tek je 2012. godine na zagrebačkom Filozofskom fakultetu obranio doktorsku disertaciju o Marku Andrijiću, najvećem korčulanskom graditelju i klesaru, koja je rezultat bavljenja korčulanskim povijesnim graditeljstvom u prvom razdoblju svoje konzervatorske prakse.
Spoznavši veliku važnost edukacije mladih naraštaja, Nikšić je sudjelovao u osnivanju studija konzervacije na splitskoj Umjetničkoj akademiji, gdje od 1997. godine svoja konzervatorska iskustva prenosi budućim restauratorima kroz predmet Uvod u arhitektonsku konzervaciju – materijali i tehnike. Uz to održava niz predavanja na diplomskim i poslijediplomskim studijima arhitektonskih i filozofskih fakulteta u Splitu, Zagrebu i Rijeci.
O svojim konzervatorskim zahvatima i znanstvenim istraživanjima izlaže na brojnim skupovima u zemlji i inozemstvu. Neka od tih predavanja, kao i niz stručnih i znanstvenih članaka objavio je u domaćim i stranim časopisima. To je imalo odjeka u međunarodnim stručnim krugovima, pa je kao ekspert ICOMOS-a vodio ili sudjelovao u misijama na lokalitetima nominiranim ili upisanim na UNESCO-ovu listu svjetske kulturne baštine. Američki arheološki institut imenovao ga je 2013. godine svojim dopisnim članom.
